Quality assessment of Oxford Nanopore sequencing data

Summary of FASTQ quality assessment across barcodes

Click the icon to open the MultiQC page
Microbial (D6300) Gut (D6331) Oral (D6332)
01 02 03 04 05 06 01 02 03 04 05 06 01 02 03 04 05 06
QC: Plate01 QC: Plate02 QC: Plate03 QC: Plate04 QC: Plate05 QC: Plate06 QC: Plate01 QC: Plate02 QC: Plate03 QC: Plate04 QC: Plate05 QC: Plate06 QC: Plate01 QC: Plate02 QC: Plate03 QC: Plate04 QC: Plate05 QC: Plate06

Summary of FASTQ quality assessment by plate and barcode

Click the icon to open the FastQC and MultiQC pages
Barcode Microbial (D6300) Gut (D6331) Oral (D6332)
01 02 03 04 05 06 01 02 03 04 05 06 01 02 03 04 05 06
01     QC: Plate03_barcode01
QC: Plate03_barcode01		                              
03       QC: Plate04_barcode03
QC: Plate04_barcode03		                            
05         QC: Plate05_barcode05
QC: Plate05_barcode05		               QC: Plate01_barcode05
QC: Plate01_barcode05		          
07                   QC: Plate04_barcode07
QC: Plate04_barcode07		       QC: Plate02_barcode07
QC: Plate02_barcode07		        
09           QC: Plate06_barcode09
QC: Plate06_barcode09		                 QC: Plate03_barcode09
QC: Plate03_barcode09		      
11                     QC: Plate05_barcode11
QC: Plate05_barcode11		         QC: Plate04_barcode11
QC: Plate04_barcode11		    
13                       QC: Plate06_barcode13
QC: Plate06_barcode13		         QC: Plate05_barcode13
QC: Plate05_barcode13		  
15             QC: Plate01_barcode15
QC: Plate01_barcode15		                     QC: Plate06_barcode15
QC: Plate06_barcode15
17               QC: Plate02_barcode17
QC: Plate02_barcode17		                    
19                 QC: Plate03_barcode19
QC: Plate03_barcode19		                  
21 QC: Plate01_barcode21
QC: Plate01_barcode21		                                  
23   QC: Plate02_barcode23
QC: Plate02_barcode23		                                

Summary of FASTQ quality assessment by read length across barcodes

Click the icon to open the MultiQC page; – = no ultra-long reads (≥ 100,000 bp) detected in that run
Read
Length (bp)		 Microbial (D6300) Gut (D6331) Oral (D6332)
01 02 03 04 05 06 01 02 03 04 05 06 01 02 03 04 05 06
1-999 QC: Plate01 1-999 QC: Plate02 1-999 QC: Plate03 1-999 QC: Plate04 1-999 QC: Plate05 1-999 QC: Plate06 1-999 QC: Plate01 1-999 QC: Plate02 1-999 QC: Plate03 1-999 QC: Plate04 1-999 QC: Plate05 1-999 QC: Plate06 1-999 QC: Plate01 1-999 QC: Plate02 1-999 QC: Plate03 1-999 QC: Plate04 1-999 QC: Plate05 1-999 QC: Plate06 1-999
1000-9999 QC: Plate01 1000-9999 QC: Plate02 1000-9999 QC: Plate03 1000-9999 QC: Plate04 1000-9999 QC: Plate05 1000-9999 QC: Plate06 1000-9999 QC: Plate01 1000-9999 QC: Plate02 1000-9999 QC: Plate03 1000-9999 QC: Plate04 1000-9999 QC: Plate05 1000-9999 QC: Plate06 1000-9999 QC: Plate01 1000-9999 QC: Plate02 1000-9999 QC: Plate03 1000-9999 QC: Plate04 1000-9999 QC: Plate05 1000-9999 QC: Plate06 1000-9999
10000-99999 QC: Plate01 10000-99999 QC: Plate02 10000-99999 QC: Plate03 10000-99999 QC: Plate04 10000-99999 QC: Plate05 10000-99999 QC: Plate06 10000-99999 QC: Plate01 10000-99999 QC: Plate02 10000-99999 QC: Plate03 10000-99999 QC: Plate04 10000-99999 QC: Plate05 10000-99999 QC: Plate06 10000-99999 QC: Plate01 10000-99999 QC: Plate02 10000-99999 QC: Plate03 10000-99999 QC: Plate04 10000-99999 QC: Plate05 10000-99999 QC: Plate06 10000-99999
≥100000 QC: Plate01 ≥100000 – – – – QC: Plate06 ≥100000 QC: Plate01 ≥100000 – – – QC: Plate05 ≥100000 – QC: Plate01 ≥100000 QC: Plate02 ≥100000 QC: Plate03 ≥100000 QC: Plate04 ≥100000 QC: Plate05 ≥100000 –